bin/verkko
lib/verkko/Snakefile
lib/verkko/Snakefiles/1-buildGraph.sm
lib/verkko/Snakefiles/2-processGraph.sm
lib/verkko/Snakefiles/3-alignONT.sm
lib/verkko/Snakefiles/3-alignTips.sm
lib/verkko/Snakefiles/3-combineONT.sm
lib/verkko/Snakefiles/3-splitONT.sm
lib/verkko/Snakefiles/4-processONT.sm
lib/verkko/Snakefiles/5-untip.sm
lib/verkko/Snakefiles/6-layoutContigs.sm
lib/verkko/Snakefiles/6-rukki.sm
lib/verkko/Snakefiles/7-buildPackage.sm
lib/verkko/Snakefiles/7-combineConsensus.sm
lib/verkko/Snakefiles/7-extractONT.sm
lib/verkko/Snakefiles/7-generateConsensus.sm
lib/verkko/Snakefiles/8-hicPipeline.sm
lib/verkko/Snakefiles/c1-buildStore.sm
lib/verkko/Snakefiles/c2-findOverlaps.sm
lib/verkko/Snakefiles/c4-findErrors.sm
lib/verkko/Snakefiles/functions.sm
lib/verkko/bin/MBG
lib/verkko/bin/alignGFA
lib/verkko/bin/findErrors
lib/verkko/bin/fixErrors
lib/verkko/bin/layoutToPackage
lib/verkko/bin/matchchains_index
lib/verkko/bin/matchchains_matchindex
lib/verkko/bin/meryl
lib/verkko/bin/meryl-lookup
lib/verkko/bin/ovStoreBuild
lib/verkko/bin/ovStoreConfig
lib/verkko/bin/overlapImport
lib/verkko/bin/rukki
lib/verkko/bin/sqStoreCreate
lib/verkko/bin/sqStoreDumpFASTQ
lib/verkko/bin/sqStoreDumpMetaData
lib/verkko/bin/utgcns
lib/verkko/data/human-ebv-AJ507799.2.fasta.gz
lib/verkko/data/human-mito-NC_012920.1.fasta.gz
lib/verkko/data/human-rdna-KY962518.1.fasta.gz
lib/verkko/profiles/config.yaml
lib/verkko/profiles/jobscript.sh
lib/verkko/profiles/slurm-sge-status.sh
lib/verkko/profiles/slurm-sge-submit.sh
lib/verkko/scripts/add_fake_alignments.py
lib/verkko/scripts/add_fake_bridging_paths.py
lib/verkko/scripts/add_hairpin_uniques.py
lib/verkko/scripts/add_hom_node_scaffold_edges.py
lib/verkko/scripts/bam_rename.py
lib/verkko/scripts/calculate_coverage.py
lib/verkko/scripts/check_layout_gaps.py
lib/verkko/scripts/chop_misassemblies.py
lib/verkko/scripts/circularize_ctgs.py
lib/verkko/scripts/cluster.py
lib/verkko/scripts/connect_uniques.py
lib/verkko/scripts/estimate_unique_local.py
lib/verkko/scripts/fasta_combine.py
lib/verkko/scripts/fasta_extract.py
lib/verkko/scripts/fasta_filter.py
lib/verkko/scripts/fasta_partition.py
lib/verkko/scripts/fasta_util.py
lib/verkko/scripts/filter_alignments_by_column.py
lib/verkko/scripts/find_bridges.py
lib/verkko/scripts/find_tips.py
lib/verkko/scripts/fix_diploid_paths.py
lib/verkko/scripts/fix_diploid_unique_nodes.py
lib/verkko/scripts/fix_haplogaps.py
lib/verkko/scripts/forbid_unbridged_tangles.py
lib/verkko/scripts/get_bridge_mapping.py
lib/verkko/scripts/get_layout_from_mbg.py
lib/verkko/scripts/get_original_coverage.py
lib/verkko/scripts/get_unroll_mapping.py
lib/verkko/scripts/graph_functions.py
lib/verkko/scripts/hic_prefilter.py
lib/verkko/scripts/inject_coverage.py
lib/verkko/scripts/insert_aln_gaps.py
lib/verkko/scripts/launch_phasing.py
lib/verkko/scripts/launch_scaffolding.py
lib/verkko/scripts/logging_utils.py
lib/verkko/scripts/maybe_trim_alignment.py
lib/verkko/scripts/merge_layouts.py
lib/verkko/scripts/merge_unresolved_dbg_nodes.py
lib/verkko/scripts/parse_sam_pairs.py
lib/verkko/scripts/pick_majority_bridge.py
lib/verkko/scripts/pop_bubbles_coverage_based.py
lib/verkko/scripts/prepare_scaffolding.py
lib/verkko/scripts/remove_contained_spurious_uniques.py
lib/verkko/scripts/remove_crosslink_paths.py
lib/verkko/scripts/remove_nodes_add_telomere.py
lib/verkko/scripts/remove_wrong_connections_2.py
lib/verkko/scripts/replace_path_nodes.py
lib/verkko/scripts/resolve_triplets_kmerify.py
lib/verkko/scripts/scaffolding/match_graph.py
lib/verkko/scripts/scaffolding/path_storage.py
lib/verkko/scripts/scaffolding/scaff_prefilter.py
lib/verkko/scripts/scaffolding/scaffold_graph.py
lib/verkko/scripts/screen-assembly.pl
lib/verkko/scripts/select_best_alignment.py
lib/verkko/scripts/select_unused_reads.py
lib/verkko/scripts/trim_dbg_alignment.py
lib/verkko/scripts/unitigify.py
lib/verkko/scripts/unroll_simple_loops.py
lib/verkko/scripts/unroll_tip_loops.py
lib/verkko/scripts/untip_relative.py
